2020年1月11日， 在上海，就在武漢爆發疫情的第一份報告在全球傳播後僅 11 天，由複旦大學張永振領導的科學家團隊通過 Virological.org 網站發布了該新型病毒的基因組序列草案。 該基因組由愛德華·C·霍姆斯 (Edward C. Holmes) 提供，他是一位居住在悉尼的英籍澳大利亞進化生物學家，也是張在基因組組裝項目上的同事。 霍姆斯因其在 RNA 病毒（包括冠狀病毒）進化方面的研究、他原始的光頭和他尖刻的坦率而在病毒學家中聞名。 該領域的每個人都知道他是艾迪。 該帖子於蘇格蘭時間凌晨 1 點 05 分發布，此時愛丁堡該網站的管理員、一位名叫安德魯·蘭鮑特 (Andrew Rambaut) 的分子進化教授非常警惕，準備加快速度。 他和福爾摩斯組成了 基因組的簡短介紹：“請隨意下載、分享、使用和分析這些數據，”它說。 他們知道“數據”是複數，但他們很著急。
霍姆斯和一小群同事立即開始分析基因組，尋找有關病毒進化史的線索。 他們藉鑑了已知冠狀病毒的背景以及他們自己對此類病毒如何在野外形成的理解（如 Holmes 2009 年的書《RNA 病毒的進化和出現》中所反映的那樣）。 他們知道，冠狀病毒的進化可以迅速發生，其驅動因素包括頻繁突變（大約 30,000 個字母的基因組中的單字母變化）、重組（一種病毒與另一種病毒交換基因組部分，當兩者同時在單個細胞中復制）以及達爾文自然選擇對這些隨機變化的作用。 福爾摩斯與愛丁堡的蘭伯特（他是三十年的朋友）以及另外兩位同事交換了意見：加利福尼亞州拉霍亞斯克里普斯研究所的克里斯蒂安·安德森（Kristian Andersen）； 和新奧爾良杜蘭大學醫學院的羅伯特·加里。 哥倫比亞大學梅爾曼公共衛生學院的伊恩·利普金後來也加入了這一行列。 這五人將組成一個遠程研究小組，旨在發表一篇關於 SARS-CoV-2 基因組及其可能起源的論文。
霍姆斯、安德森和他們的同事認識到該病毒與蝙蝠病毒的相似性，但經過更多研究，發現了兩個讓他們猶豫的“顯著特徵”。 這些特徵是基因組的兩個短點，只佔整體的很小一部分，但對於病毒捕獲和感染人類細胞的能力具有潛在的重要意義。 它們是病毒學家所熟悉的聽起來技術性的元素，現在已成為冠狀病毒起源白話的一部分：弗林蛋白酶切割位點（FCS），以及意想不到的受體結合域（RBD）。 所有病毒都有 RBD，幫助它們附著在細胞上； FCS 是一種幫助某些病毒侵入的功能。 最初的 SARS 病毒讓全世界的科學家感到恐懼，但僅造成約 800 人死亡，它在這兩個方面都與新的冠狀病毒不同。 SARS-CoV-2 是如何形成這種形式的？
起初，安德森和霍姆斯確實擔心它可能是經過設計的。 這兩個特徵是否是故意附加的，通過基因操作插入到某些冠狀病毒骨架中，故意使病毒在人類中更具傳播性和致病性？ 必須考慮這一點。 福爾摩斯給傑里米·法勒（Jeremy Farrar）打電話，他是一位疾病專家，當時擔任倫敦威康基金會（Wellcome Trust）的主任，該基金會是一家支持健康研究的倫敦基金會。 法勒看到了這一點，並迅速安排了一個國際科學家小組的電話會議，討論基因組令人費解的方面及其起源的可能情況。 該小組包括杜蘭大學的羅伯特·加里和其他十幾個人，其中大多數是具有相關專業知識的傑出歐洲或英國科學家，例如愛丁堡的蘭巴特、荷蘭的馬里昂·庫普曼斯和德國的克里斯蒂安·德羅斯滕。 參加電話會議的還有時任國家過敏和傳染病研究所所長安東尼·福奇，以及時任美國國立衛生研究院院長、福奇的老闆弗朗西斯·柯林斯。 這是 2 月 1 日著名的電話會議——如果你相信一些批評的聲音的話——福奇和柯林斯說服其他人壓制任何有關該病毒可能是被設計的想法。
“流傳的說法是，福奇告訴我們，改變主意，耶達，耶達，耶達，耶達。 我們得到了回報，”福爾摩斯對我說。 “已經完成了 [expletive]”。
